埃博拉病毒从宿主动物传播给人的机制目前尚不明确，但现有的研究表明，流行区的森林、矿井属于高发危险区域。流行病学调查显示，非洲地区多次的暴发疫情都源于当地居民在森林和矿井的作业活动，如1994年加蓬地区某矿井淘金作业人群中的暴发疫情,1995年扎伊尔[现刚果(金)]暴发疫情的首例患者是林区内的伐木工人。有研究对加蓬地区农村居民进行了血清学调查,随机选取了4 349名成人和362名儿童,针对研究人群扎伊尔型埃博拉病毒血清抗体和居住类型等危险因素,通过流行病学方法和logistic回归分析发现，林区附近人群血清中IgG抗体阳性率(32.4%)较一般人群高(15.3%)。

        当指示病例出现后，由于埃博拉病毒病为强传染性疾病，指示病例所住的医院、居住区域(如家庭)和葬礼现场也属于高危险区域，所有疫情基本以医院、居住区域或葬礼现场为中心进行扩散。有研究基于1995 年扎伊尔[现刚果(金)]和2000年乌干达暴发疫情进行建模分析,估算出1995年扎伊尔[现刚果(金)]埃博拉病毒病传播的基本再生数R。为2. 7(95%CI: 1.9~2.8),其中区域传播、医院传播、葬礼传播分别为0. 5(95%CI:0.4~1.9)、0. 4(95%CI: 0.0~2.2)、1.8(95%CI: 0.0~2.3),考虑干预参数后,R。降为0.4(95%CI: 0.3~0.6); 2000年乌干达疫情传播的基本再生数R，为2.7(95%CI; 2.5~4.1),其中区域传播、医院传播、葬礼传播分别为2.6(95%CI: 0.3~2.8).0.01(95%CI: 0.0~3. 5)和0.1(95%Cl:0~3.2),考虑干预参数后，R降为0.3(95%CI: 0.2~0.40)。另外，也有研究比较“以小区域为中心”和“以医院为中心“这两种类型的疫情，发现当疫情在一个小村庄传播时， 由于地域和患者活动范围的限制，疫情最终会自行结束，如1976年在扎伊尔[现刚果(金)]扬布库地区55个村庄和1995 年在扎伊尔[现刚果(金)基奎特地区25个村庄发生的埃博拉病毒病疫情,每个村庄的病例数基本都少于10例,类似的事件也出现于2001年加蓬Ekata地区发生的暴发疫情。但当疫情出现于某个医院时，由于卫生条件和医疗设备的落后以及医护人员防护意识的匮乏,疫情很容易在医护人员中传播,并造成较高的病死率，如1995年在扎伊尔[现刚果(金)]的基奎特医院暴发的疫情，导致较多医护人员死亡;截至2015年3月15日，西非暴发疫情累计报告的24 701病例中包括852名医护人员。

       另外，非洲中部地区位于赤道附近，全年分为两个干季和两个湿季。有研究结果显示该区域多次暴发疫情均起始于湿季末端或向干季过渡的季节，研究者认为,在湿季的末端突如其来的干燥生态环境可能是出现疫情的一个触发点。如1995年扎伊尔[现刚果(金)]暴发的疫情起始于1月份,1994年科特迪瓦女科学家的感染发病时间为11月份，而2014年几内亚的暴发疫情可能缘于过度的森林砍伐:连续几年大部分时间处于旱季，干燥的生态环境可能是导致几内亚今年发生暴发疫情的原因之一。