尽管科学家从多个领域对埃博拉病毒的生态进行了研究，但这种病毒如何从其自然宿主传播给非人类灵长类动物以及人类还仍然是个谜。非人类灵长类动物与人类- 样，都不是埃博拉病毒的自然宿主，他们很可能是通过与其自然宿主的直接或间接接触受到感染。人们曾对从非洲多个地点采集的包括节肢动物、哺乳动物、鸟类、爬行动物在内的32 000多只可能的宿主动物进行了检测,均未发现埃博拉病毒或其特异性抗体。

       现有证据提示经常在埃博拉病毒病疫情流行地区的森林、洞穴和矿井等地活动的人感染风险高，几次暴发疫情的溯源调查都指向了这些场所;多起人类暴发疫情中指示病例的可能感染来源均指向非人类灵长类动物和果蝠,而蝙蝠、猩猩等在这些场所较多。业已证实，迄今有多起疫情发生前曾接到过大猩猩、黑猩猩等大量死亡的报告。无防护地接触、屠宰食用野生动物等行为容易导致埃博拉病毒感染。

       埃博拉病毒病暴发有时呈现定的时空特异性、时间聚集性以及特殊的季节背景。 1976年,苏丹恩扎拉和扎伊尔[现刚果(金)]扬布库两个相距几百公里的地方,在不到两个月的时间里分别暴发了源自两个不同毒株(苏丹型埃博拉病毒和扎伊尔型埃博拉病毒)的埃博拉病毒病疫情:1994年末,在科特迪瓦塔伊森林、加蓬的Makokou.扎伊尔[现刚果(金)]的基奎特3个不同的地区也是在不到两个月的时间里暴发了源自两个不同亚型病毒(塔伊森林型埃博拉病毒和扎伊尔型埃博拉病毒)的疫情;2013年末几内亚、塞拉利昂和利比里亚3个西非国家先后暴发了迄今最大规模的埃博拉病毒病疫情,2014年在西非疫情还远未控制的同时,刚果(金)西北部赤道省也暴发了疫情并证实与西非疫情无关。1976 1979 年与1994- 1996 年两个高密度暴发时间簇之间相隔了15年，中间没有埃博拉病毒病病例发生,而2000-2001 年乌干达、加蓬再次暴发疫情,与1994年的暴发又相隔了7年时间。

        针对非洲埃博拉病毒病暴发地区的环境和气候因素进行的多项研究表明,疫情通常发生于热带雨林地区，常与湿季末期发生的异常干旱相关。这种特殊的触发事件有可能促进了埃博拉病毒由其神秘宿主向人类的传播。